2009年1月15日，交通运输部组建后的第一次全国交通运输工作会议于在京开幕。中共中央政治局委员、国务院副总理张德江出席会议并作重要讲话。交通运输部党组书记、部长李盛霖作工作报告。
在全国交通运输工作会议第二小组讨论中，翁孟勇副部长在听取了部分交通厅局长的发言后表示，2008年交通运输工作可以用一个“苦”字概括，但是再苦，大家也干过来了，而且干得很出色，张德江副总理给予了高度评价。
翁孟勇副部长在会上提到，2009年可以用一个字概括—“难”，要增强忧患意识和交通运输科学发展的紧迫感，做到科学应对，但也要切实看到交通运输发展的有利条件，增强战胜困难的决心和信心，变压力为动力，化挑战为机遇，把会议提出的快速发展、科学发展、安全发展、协调发展任务落到实处。
盘点：极不平凡 成绩显著
对于2008年的交通运输工作，李盛霖以“极不平凡”和“成绩显著”来总结。他简要回顾了2008年的主要工作—
奋力抗击特大自然灾害取得重大胜利。在南方低温雨雪冰冻灾害和“5•12”四川汶川特大地震发生后，各地运输部门员工与救灾救援队伍一道，全力抢通灾区公路交通“生命线”，第一时间将救灾物资运达灾情现场，为保障抗震救灾的胜利奠定了坚实基础。
圆满完成奥运会运输保障和安全保障。加强应急运力组织和运输保障，公路、民航、邮政完成奥运应急运力保障组织、火炬国内外传递、开幕式前后奥运专包机、公务机保障、奥城市邮件寄递等任务。强化安全保障，开展了以“查隐患、保安全”为主线的安保大检查，公路、民航、水上、邮政实施了进京货车绕行交通组织、车辆安全检查和客车尾气改造、绕行公路整治、奥帆赛青岛赛区海域安全保障和隐患整治、浒苔清除、涉奥城市港口和三峡船闸等主要通航设施安保和强化邮件寄递安全监管和服务等工作。
着力提高交通运输服务保障能力。一是加强港口煤炭疏港和电力“迎峰度夏”及奥运期间重点物资运输。二是加强交通运输出行信息服务；推进部省道路运输联网试点和道路运输电子证件应用试点。三是制定道路运输管理工作规范、道路旅客运输班线经营权招投标办法、汽车客运站安全规范，深入开展驾驶员素质教育工程，推进承运人责任险工作。继续加强治超，从2007年11月开始，由山西省牵头，华北五省区市联合治超，车辆超限超载率大幅下降，山西全省目前已下降到0.2%，杜绝了车货总重55吨以上非法超限超载车辆在高速公路上行驶。
继续加强科技创新和节能减排。推进建设交通运输国家重点实验室和国家工程研究中心，建成交通运输科技信息资源共享平台门户网站，加强交通运输类主干学科教学实验设施建设。加强交通运输重大科技项目攻关，国家高速公路网不停车收费与服务系统、现代物流服务示范工程关键技术研究取得重要成果。完善交通运输信息化标准体系，规范交通运输电子政务建设，颁发了道路、水路运输和船员、船舶等信息基础数据元标准；开展部省综合业务管理、应急处置和出行服务系统建设，推进道路运输信息系统联网，实现了部与21个省厅信息系统的互联互通。
制定了《节约能源法》实施办法和公路水路交通节能中长期规划纲要，颁布实施营运客货车燃料消耗量限值及测量方法，完成15项节能标准规范制定修订工作，确定了第二批节能减排示范项目。
稳步推进机构改革与成品油价格和税费改革。组织落实《关于深化行政管理体制改革的决定》和《国务院机构改革方案》，上报“三定”规定。进一步完善政府还贷二级公路撤站方案，明确撤站目标、工作步骤和资金中央补助办法，做好取消政府还贷二级公路收费的各项准备工作。
进一步深化区域合作。通过了中国—东盟交通合作战略规划、中亚区域经济合作运输和贸易便利化战略报告及行动计划，启动《中国—东盟海运协定》年度磋商会议机制，制订了《上海合作组织成员国政府间国际道路运输便利化协定》框架文本，推动中日韩运输与物流合作并取得积极进展。
展望：改革创新 转化危机
翁孟勇副部长在会议中提到，2009年可以用一个字概括，就是“难”。主要体现在四个方面：
一是建设。为化解国际金融危机影响，中央确定扩大内需促进经济增长的政策措施，交通运输基础设施建设要加快。由于成品油价税费改革取消六费，使资金筹措难度加大。二是改革。交通运输行业经过多年发展，面临结构调整、发展转型，改革必须进一步深化。三是管理。出租车行业管理、城市交通发展等问题，关系到老百姓的切身利益，对行业管理提出了更高的要求。四是许多新领域要去拓展，比如综合运输体系建设、推进现代物流业发展等。
李盛霖部长指出，去年第四季度以来，受国际金融危机快速蔓延和世界经济明显减速的影响，我国经济运行困难急剧增加，交通运输业也遭到前所未有的冲击。改革开放以来，交通运输发展取得了举世瞩目的成就，但多年来交通运输发展中的突出矛盾和问题还没有根本解决，特别是交通运输结构不尽合理，发展方式总体粗放的格局没有根本转变。
加快交通运输结构调整，转变交通运输发展方式既是克服当前严重困难、应对严峻形势的有效措施，也是实现交通运输长期平稳较快发展的重要途径。推进交通运输结构调整，就是要大力发展现代交通运输业，加快实现由传统产业向现代交通运输业的转型。
取消政府还贷二级公路收费，是这次改革的重要内容。要针对实行过程中出现的新情况、新问题，对收费公路政策进行及时调整和完善，积极探索建立高速公路与普通公路统筹发展的新机制，逐步形成以高速公路为主体的收费公路网络和以普通公路为主体的免费公路网络，充分体现效率与公平的原则。
2009年，地方机构改革也进入了实施阶段。实行大部门制，是这次改革与以往几次政府机构改革的重要区别。组建交通运输部是实行大部门制的试点和探索。
2009年工作部署
努力提高交通运输服务保障能力。确保重点物资、重点时段的客货运输安全顺畅；提高公路应急保障和管理能力。构建协调有效的公路应急管理组织体系，建立反应迅速、处置高效的运行机制；强化运输市场监管，规范和推动道路运输行业GPS系统应用。继续开展道路运输和水路内贸集装箱超载治理；加强城市客运指导。坚持公交优先的城市交通发展战略，扩大城市公共交通出行比例；完善交通运输经济运行分析和统计工作。
大力推进农村交通运输业发展。落实党的十七届三中全会精神，按照中央农村工作会议的部署和要求，以继续抓好服务社会主义新农村建设的“八件实事”为重点，推进农村交通运输业发展。全年计划新改建农村公路30万公里。
推进交通运输改革和综合运输法规体系建设。成品油价格和税费改革、机构改革是今年交通运输的重点工作，要按照国务院的部署要求，精心组织，周密安排，完善措施，把这两项改革落实到位。
积极推进综合运输体系建设。找准制约综合运输体系发展的关键环节，充分发挥地方政府、科研单位和企业等各方面的积极性，积极推动综合运输体系建设。
做大做强现代物流业。认真贯彻国务院《关于加快发展现代服务业的若干意见》，高度重视并充分发挥现代物流业在发展现代交通运输业中的重要作用，提高物流的专业化、社会化水平，发展第三方物流，鼓励和支持各地交通运输部门推动物流业发展的实践和探索，积极推动现代物流业发展。
切实做好科技创新和节能减排工作。以交通运输科技创新和节能减排推动交通运输结构调整和发展方式转变。
